Hàng năm, Quỹ chọn các lãnh vực thích đáng để trao các giải của năm sau, và quyết định số tiền của giải. Thường thì Quỹ loan báo các lãnh vực trao giải và danh sách những người hoặc tổ chức được đề cử vào tháng 5 hàng năm. Những người hoặc tổ chức đoạt giải sẽ được công bố trong tháng 9 năm sau. Từ năm 2001 tiền thưởng của mỗi giải đã tăng lên 1 triệu Franc Thụy Sĩ, với điều kiện phân nửa số tiền được sử dụng cho các dự án có các nhà nghiên cứu trẻ tham gia.

Ủy ban giải Balzan gồm 20 ủy viên thuộc các hội học giả có uy tín của châu Âu. Giải này được xếp hạng cao gần sát giải Nobel và là một trong các giải cao nhất về thành tựu khoa học, văn hóa và nhân đạo, tuy nhiên giải này ít được biết đến, mặc dù số tiền của giải Balzan năm 2004 lên tới 3 triệu dollar Mỹ, vượt quá số tiền của giải Nobel 1,3 triệu (theo tỷ giá hối đoái năm 2004).

Tiền vốn của Quỹ do người Ý Eugenio Balzan hiến tặng (1874–1953). Ông là đồng sở hữu chủ của nhật báo Corriere della Sera và đã đầu tư vốn ở Thụy Sĩ. Năm 1933 ông rời khỏi Ý để phản đối chủ nghĩa phát xít. Ông để lại tài sản thừa kế lớn cho con gái Angela Lina Balzan (1892–1956), người bị một căn bệnh mà thời đó không thể chữa lành. Trước khi qua đời, bà đã trao lại tài sản và chỉ thị cho quỹ, từ đó quỹ có 2 trụ sở: Ban quản lý Giải ở Milano (Ý) và Ban quản lý Quỹ ở Zürich (Thụy Sĩ).

Tiền thưởng của giải đầu tiên là 1 triệu Franc Thụy Sĩ, trao cho Quỹ giải Nobel năm 1961. Sau năm 1962, giải ngưng trao 16 năm, sau đó lại bắt đầu trao giải với số tiền nửa triệu franc Thụy Sĩ cho Mẹ Teresa. Lễ trao giải được cử hành luân phiên giữa thành phố Bern (Thụy Sĩ) và Accademia dei Lincei ở Roma (Ý). Những người đoạt giải sau đó thường cũng đoạt giải Nobel.